La première équipe de chaque poule ainsi que les huit meilleures deuxièmes seront qualifiées pour le second tour des éliminatoires, dont un nouveau tirage à Durban déterminera cinq poules de quatre.
Le leader de chacune de ces cinq poules représentera l'Afrique à la prochaine Coupe du monde, en même temps que l'Afrique du Sud (pays organisateur), tandis que les trois premiers de chaque groupe seront qualifiés à la CAN 2010 et rejoindront l'Angola, pays organisateur de la compétition continentale.

CALENDRIER
1ère journée (30, 31 mai ou 1er juin 2008),2ème journée (6, 7 ou 8 juin 2008),3ème journée (13, 14 ou 15 juin 2008)
4ème journée (20, 21 ou 22 juin 2008),5ème journée (5, 6 ou 7 septembre 2008) ,6ème journée (10, 11 ou 12 octobre 2008)