| Group A | ||
| Match Aller : 07-09/04/2000 | ||
| Cap Vert | 0-0 | Algérie |
| Mauritanie | 1-2 | Tunisie |
| Bénin | 1-1 | Sénégal |
| Guinée Bissau | 0-0 | Togo |
| Gambie | 0-1 | Maroc |
| Match Retour : 21-23/04/2000 | ||
| Algérie | 2-0 | Cap Vert |
| Tunise | 3-0 | Mauritanie |
| Sénégal | 1-0 | Bénin |
| Togo | 3-0 | Guinée Bissau |
| Maroc | 2-0 | Gambie |
| 5 équipes qualifies pour le second tour: Algérie, Maroc, Tunisie, Sénégal & Togo. | ||
| Group B | ||
| Match Aller : 07-09/04/2000 | ||
| Lesotho | 0-2 | South Africa |
| Swaziland | 0-1 | Angola |
| Botswana | 0-1 | Zambie |
| Madagascar | 2-0 | Gabon |
| Soudan | 1-0 | Mozambique |
| Match Retour : 21-23/04/2000 | ||
| South Africa | 1-0 | Lesotho |
| Angola | 7-1 | Swaziland |
| Zambie | 1-0 | Botswana |
| Gabon | 1-0 | Madagascar |
| Mozambique | 2-1 | Soudan |
| 5 équipes qualifies pour le second tour: South Africa,Zambie, Madagascar, Angola & Soudan. | ||
| Group C | ||
| Match Aller : 07-09/04/2000 | ||
| Guinée Equatoriale | 1-3 | Congo |
| Libye | 3-0 | Mali |
| Rwanda | 2-2 | Ivory Coast |
| Sao Tomé | 2-0 | Sierra Leone |
| Centrafrique | 0-1 | Zimbabwe |
| Match Retour : 21-23/04/2000 | ||
| Congo | 2-1 | Guinée Equatoriale |
| Mali | 3-1 | Libye |
| Ivory Coast | 2-0 | Rwanda |
| Sierra Leone | 4-0 | Sao Tomé |
| Zimbabwe | 3-1 | Centrafrique |
| 5 équipes qualifies pour le second tour: Sierra Leone, Ivory Coast, Congo, Lybie & Zimbabwe. | ||
| Group D | ||
| Match Aller : 07-09/04/2000 | ||
| Seychelles | 1-1 | Namibie |
| Djibouti | 1-1 | RD Congo |
| Somalie | 0-3 | Cameroun |
| Mauritius | 0-2 | Egypte |
| Erithrea | 0-0 | Nigeria |
| Match Retour : 21-23/04/2000 | ||
| Namibie | 3-0 | Seychelles |
| RD Congo | 9-1 | Djibouti |
| Cameroun | 3-0 | Somalie |
| Egypte | 4-2 | Mauritius |
| Nigeria | 4-0 | Erithrea |
| 5 équipes qualifies pour le second tour: Namibie, Nigeria, Cameroun, Congo DR & Egypte. | ||
| Group E | ||
| Match Aller : 07-09/04/2000 | ||
| Tchad | 0-1 | Liberia |
| Ouganda | 4-4 | Guinée |
| Ethiopie | 2-1 | Burkina Fasso |
| Malawi | 2-0 | Kenya |
| Tanzanie | 0-1 | Ghana |
| Match Retour : 21-23/04/2000 | ||
| Liberia | 0-0 | Tchad |
| Guinée | 3-0 | Ouganda |
| Burkina Fasso | 3-0 | Ethiopie |
| Kenya | x-x | Malawi |
| Ghana | 3-2 | Tanzanie |
| 5 équipes qualifies pour le second tour: Liberia, Guinée, Burkina, Ghana & Malawi. | ||